Choléra

Le choléra est une toxi-infection entérique épidémique contagieuse due à la bactérie Vibrio choleræ par le sérotype O1 ou O139 de Vibrio cholera. Il se manifeste par une diarrhée aiguë qui peut rapidement évoluer vers la déshydratation et la mort si elle n'est pas traitée. La plupart des patients se rétablissent avec un traitement de réhydratation orale ; cependant, certains nécessiteront d’être rapidement réhydratés par voie intraveineuse. Si l’épidémie est bien prise en charge, la mortalité peut descendre en dessous de 1 % avec un traitement adéquat, mais elle peut grimper à 50 % en l’absence de traitement.

Le choléra est transmis par des aliments ou de l'eau contaminés. Il est possible de prévenir la maladie si l’on peut disposer d’eau salubre, de systèmes d’assainissement corrects et d’une hygiène efficace. Le choléra peut également être contrôlé par la vaccination, avec 2 doses administrées à deux semaines d'intervalle par voie orale. 

Le choléra est endémique en Asie du Sud-Est. En Afrique et en Amérique, il provoque des épidémies. Le risque de choléra s’accroît avec l'augmentation constante des populations vulnérables qui vivent dans des conditions insalubres, dans les bidonvilles à structure sanitaires insuffisantes qui ne disposent pas des infrastructures de base, ou en cas de guerre ou de catastrophe naturelle qui anéantissent ces infrastructures. Le choléra touche entre 1,3 et 4 millions de personnes chaque année dans le monde et provoque entre 21 000 et 143 000 décès par an.

Epicentre et l'Université John Hopkins ont cartographié les régions d’Afrique où le choléra est le plus répandu en utilisant des techniques de modélisation¹. Les résultats indiquent que la charge que représente la maladie pourrait être réduite de moitié sur le continent africain si les efforts de lutte se concentraient sur à peine 5% de tous les districts d'Afrique. Ces conclusions sont au cœur de la 'Feuille de route mondiale pour le choléra jusqu’en 2030', qui définit les axes stratégiques visant à éliminer la transmission du choléra ainsi que les principaux arguments qui expliquent la nécessité d’investir dans la lutte contre le choléra. 

Une collaboration complémentaire avec l'Institut Pasteur, qui a permis de séquencer le génome de plus de 1000 isolats de vibrio Volerae et montré qu’au cours de 50 dernières années, les souches de la 7ème pandémie – la pandémie actuelle qui a débuté en Asie du Sud, en 1961 et a atteint l’Afrique en 1971, puis les Amériques en 1991 – avaient été introduites en Afrique à plusieurs reprises et provenaient d'Asie du Sud. On peut suivre la circulation des souches² en observant l’apparition de points chauds que se partagent des pays voisins en Afrique. Ceci permet d’anticiper sur les zones où vont apparaître ces points chauds et focaliser des activités de lutte contre le choléra. On peut ainsi éviter la réintroduction de nouvelles souches.

En Haïti, les études rétrospectives de morbidité et de mortalité menées par Epicentre ont démontré que le nombre réel de cas de choléra était beaucoup plus élevé que celui enregistré du fait de l’isolement des ces villages et de leur éloignement des centres de santé. Tragiquement, les cas ne sont pas traités et des personnes meurent par manque d'accès au traitement³.  

Epicentre apporte un soutien épidémiologique sur le terrain à Médecins Sans Frontières (MSF) pour décrire les épidémies de choléra, leur temporalité, leur localisation et les populations affectées. Epicentre a également développé des modèles pour mieux comprendre la propagation des épidémies de choléra, comme cela a été le cas récemment au Yémen⁴. Epicentre a montré par des méthodes épidémiologiques spatiales que le choléra se propage en grappes.

Epicentre explore une stratégie améliorée d'intervention qui permet de planifier des actions sur l’eau potable, l’assainissement et l’hygiène, la vaccination en anneau ainsi que la distribution d'antibiotiques aux personnes vivant sous le même toit. Cette stratégie consiste à contenir les 1^ers foyers d’infection. Les premiers résultats observés à Djouba au Soudan du Sud sont encourageants.

Cette stratégie appelée CATI (pour Case-Area Targeted Intervention) est désormais en cours d’évaluation en RDC, au Cameroun et au Zimbabwe pour confirmer son efficacité. Les données actuelles mettent en avant une zone spatio-temporelle à haut risque de 100 à 250 mètres autour des foyers dans lesquels a été détecté un cas pendant 7 jours. Sur la base des politiques nationales, du contexte local et de considérations opérationnelles, MSF décidera du contenu du kit CATI à déployer (assainissement de l’eau et mesures d'hygiène au niveau des ménages, recherche active de cas, chimioprophylaxie antibiotique et/ou la vaccination anticholérique orale à dose unique, du rayon d'intervention) et de la stratégie de priorisation à mettre en œuvre. L'étude menée par Epicentre va évaluer l'efficacité de la stratégie CATI pendant une épidémie aiguë de choléra, avec des mesures clairement définies de l'efficacité des dispositifs CATI. Elle compare l’intervention rapide et la mise en place d’un « kit CATI » par rapport à une actions retardés par des contraintes opérationnelles. Elle estimera aussi la faisabilité, les coûts et le processus de mise en œuvre de cette approche.

Les tests de diagnostic rapide du choléra (TDR) sont utiles pour accélérer la détection, la confirmation et la notification des épidémies de choléra. Il est essentiel de disposer d’une estimation fiable de leur sensibilité et leur spécificité  pour pouvoir se fier aux résultats qu’ils indiquent. Plusieurs études épidémiologiques analytiques menées en Zambie, au Sud-Soudan et en RDC ont couvert cette question pour les TDR Crystal VC et SD Bioline, en utilisant la méthode directe sur échantillons de selles et avec une  étape d'enrichissement en eau peptonée alcaline.  

La vaccination comme outil de santé publique

Avant 2012, le vaccin contre le choléra n’était pas un outil de santé publique mais presque exclusivement un vaccin pour les voyageurs. En 2012, MSF a mené la première campagne de vaccination en Guinée avec le Shanchol, un nouveau vaccin pré-qualifié par l'Organisation mondial de la Santé (OMS). Les études épidémiologiques analytiques et descriptives menées par Epicentre ont démontré la faisabilité d'une telle campagne ainsi que la sécurité, l'efficacité et l'acceptabilité du vaccin⁵. Il s'agit là d'une étape importante qui a contribué à la création d'un stock mondial de vaccins contre le choléra en 2013. Depuis la vaccination est devenue une procédure habituelle de lutte contre les épidémies. Désormais 3 vaccins oraux nécessitant deux doses pour être pleinement efficaces sont préqualifiés par l’OMS : Dukoral®, Shanchol™, et Euvichol®. Les deux derniers font partie du du stock mondial constitué par l’OMS avec le soutien de Gavi, l’Alliance du vaccin.

La vaccination lors d'épidémies

Il est essentiel d'intervenir rapidement en cas de flambée, et le calendrier à deux doses ralentit la rapidité de la réponse vaccinale. Epicentre étudie actuellement la faisabilité du contrôle de la propagation de l'épidémie avec l'administration d'une dose unique. Les résultats de nos études cas-témoins menées en Zambie et au Sud-Soudan indiquent que la protection à court terme offerte par la dose unique est similaire à la protection que confère la double dose^6,7.

La vaccination à deux doses complique l’accès à des populations difficiles à atteindre comme les pêcheurs ou les populations déplacées vivant dans des zones de conflit.  C’est dans ce type de contexte que MSF a entrepris des essais cliniques auprès de pêcheurs au Malawi en proposant au patient de s’administrer lui-même la deuxième dose ou confiant cette deuxième dose à un agent communautaire. Cette stratégie a été rendue possible grâce à la grande stabilité thermique du vaccin Shanchol, qui a récemment été homologué pour être utilisé avec une chaîne à température contrôlée (CTC) : le vaccin peut être utilisé en toute sécurité pendant 14 jours jusqu'à 40°C. Les études de couverture vaccinale ont montré une bonne acceptabilité chez les pêcheurs du Malawi et une étude épidémiologique analytique a montré la bonne efficacité de cette stratégie de prévention contre le choléra. 

Epicentre fait partie du groupe de travail sur le vaccin oral contre le choléra de SAGE (groupe stratégique consultatif d'experts sur la vaccination). Epicentre est également membre du Groupe de travail mondial pour la lutte contre le choléra, participe activement à plusieurs autres groupes de travail et préside le groupe de travail sur la surveillance du choléra.

Epicentre a lancé au printemps 2021 une étude opérationnelle pour évaluer l’impact d’une campagne préventive de vaccination orale dans des hotspots de choléra en RDC, grâce à un financement du Wellcome, UK AID et Foreign and Commonwealth and Development Office et de manière intégrée aux activités de MSF et avec le soutien du Ministère de la santé de RDC et du Programme National d'Elimination du Choléra et de lutte contre les autres Maladies Diarrhéiques (PNECHOL-MD). L’objectif est de suivre l'incidence du choléra après la vaccination pendant au moins deux ans, et de mieux comprendre l’impact du vaccin sur le niveau et les caractéristiques de la transmission de la maladie. L’impact réel des vaccinations préventives est encore peu documenté.

La combinaison de la surveillance clinique, des enquêtes sérologiques, du suivi des foyers contaminés contribuera également à améliorer la compréhension de la dynamique de la transmission du choléra dans les milieux endémiques et à informer sur les stratégies à mettre en place.

Réferences

¹    Lessler J, Moore SM, Luquero FJ, McKay HS, Grais R, Henkens M, et al. Mapping the burden of cholera in sub-Saharan Africa and implications for control: an analysis of data across geographical scales. Lancet 2018. doi:10.1016/S0140-6736(17)33050-7.
²   Weill F-X, Domman D, Njamkepo E, Tarr C, Rauzier J, Fawal N, et al. Genomic history of the seventh pandemic of cholera in Africa. Science (80- ) 2017;358. doi:10.1126/science.aad5901.
³    Luquero FJ, Rondy M, Boncy J, Munger A, Mekaoui H, Rymshaw E, et al. Mortality rates during cholera Epidemic, Haiti, 2010-2011. Emerg Infect Dis 2016;22. doi:10.3201/eid2203.141970.
⁴    Camacho A, Bouhenia M, Alyusfi R, Alkohlani A, Naji MAM, de Radiguès X, et al. Cholera epidemic in Yemen, 2016–18: an analysis of surveillance data. Lancet Glob Heal 2018;0. doi:10.1016/S2214-109X(18)30230-4.
⁵   Luquero FJ, Grout L, Ciglenecki I, Sakoba K, Traore B, Heile M, et al. Use of Vibrio cholerae vaccine in an outbreak in Guinea. N Engl J Med 2014;370. doi:10.1056/NEJMoa1312680.
⁶    Azman AS, Parker LA, Rumunu J, Tadesse F, Grandesso F, Deng LL, et al. Effectiveness of one dose of oral cholera vaccine in response to an outbreak: a case-cohort study. Lancet Glob Heal 2016;4:e856–63. doi:10.1016/S2214-109X(16)30211-X.
⁷    Ferreras E, Chizema-Kawesha E, Blake A, Chewe O, Mwaba J, Zulu G, et al. Single-Dose Cholera Vaccine in Response to an Outbreak in Zambia. N Engl J Med 2018;378. doi:10.1056/NEJMc1711583.