Q&R - Les tests diagnostiques

Dimanche 31 mai 2020 - Mis à jour le Lundi 22 juin 2020
Il existe deux types d’approche diagnostique, les méthodes dites directes et les méthodes indirectes.

Les Différents types de tests diagnostiques pour la Covid-19

Il existe deux types d’approche diagnostique, les méthodes dites directes et les méthodes indirectes. Les premières permettent de révéler la présence du virus ou de l’un de ses constituants (ARN ou un antigène de surface (Ag) sur des prélèvements nasopharyngés ou des prélèvements des voies respiratoires basses et donc de dire si la personne est infectée (qu’elle soit symptomatique ou non). Les secondes reposent sur la détection dans le sang de la réponse immunitaire de l’hôte contre le virus permettant de dire si la personne est ou a été infectée et si elle a produit des anticorps. Ces approches diagnostiques ont été développées sous plusieurs formes : 

  • Tests moléculaires dits « PCR »  (reverse transcriptase Polymerase Chain reaction ; RT-PCR) pour détecter l’ARN du virus soit sur des plateformes automatisées dans des laboratoires de référence, soit sous des formes « point-of-care » (type GeneXpert)¸réalisés à partir d’un prélèvement nasopharyngé  ou des  voies respiratoires basses 
     
  • Tests antigéniques : sous forme de tests rapides d’orientation diagnostique (TRD) unitaires, réalisés sur des écouvillons naso ou oro-pharyngés
     
  • Tests sérologiques : à partir d’un prélèvement sanguin, ces tests permettent la détection de la réponse immunitaire humorale post-infectieuse (détection des anticorps IgM, IgG et éventuellement IgA)
     
  • Ce sont soit des tests automatisables (de type enzyme-linked immunosorbent assay -ELISA- par exemple) ou TRD unitaires. Les tests ELISA nécessitent un plateau technique contrairement aux TDR qui pourtant n’ont pas encore été validés sur prélèvement de sang au bout du doigt. 


Le prix des tests 
Le coût d’un test PCR se situe entre 15 et 25 Euros en fonction des méthodes et des volumes, uniquement le prix des réactifs et des consommables (mais sans le matériel de prélèvement type écouvillons), un test rapide se situe entre 3 et 10euros, tandis que le cout de la cartouche pour un test GeneXpert est d’environ 20 USD. La liste de tous les TRD et tests commercialisés est disponible ici.

Comment, quand utiliser quels tests

Les tests RT-PCR sont ceux actuellement recommandés par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS)  pour le diagnostic de l’infection en phase aiguë même si leur sensibilité est estimée entre 70 à 80%, c’est-à-dire qu’il y a 20 à 30% de faux négatifs, principalement dû à la variabilité de la qualité des prélèvements. 

L’OMS reconnait qu’il peut être nécessaire d'établir un ordre de priorité des personnes à tester en fonction des objectifs sanitaires, de l'intensité de la transmission, du nombre de cas, et aussi des capacités des laboratoires.
 
Ainsi quatre scénarios de transmission ont été définis par l’OMS : aucun cas, cas sporadiques, grappes de cas et transmission communautaire. Si dans les trois premiers scénarios, la stratégie est bien de tester tous les cas suspects,   pour ce qui est des zones de transmissions communautaires et dans les milieux où la capacité de dépistage est faible,  la stratégie est de prioriser les tests pour l'identification précoce des cas ainsi que la protection des patients vulnérables et des personnels soignants. Tous les autres individus présentant des symptômes liés au sein d’un milieu fermé peuvent être considérés comme des cas probables et isolés sans tests supplémentaires si la capacité de dépistage est limitée.

L’apport des tests de détection d’anticorps dans le diagnostic précoce de la COVID-19 est très limité car les anticorps n’apparaissent dans le sang du patient que plusieurs jours après l’infection (médiane J10-12 après le début des symptômes).
  
En outre, les anticorps demeurent dans l’organisme un certain temps après la disparition de l’infection. Ces tests ne donnent pas de réponse définitive quant à la présence ou à l’absence du virus SRASCoV-2, et ne permettent donc pas d’évaluer si la personne testée peut être contagieuse. Ainsi, différentes instances ne recommandent pas l’utilisation des tests sérologiques dans le diagnostic (sauf exception tels que des cas avec tableau clinique évocateur et RT-PCR négative se présentant avec 7 à 15 jours de symptômes). 

Cependant les tests sérologiques anticorps pourraient être utiles à la réalisation d’enquêtes séro-épidémiologiques à grande échelle sur la population afin d’évaluer, par exemple, au niveau collectif, la part d’infections peu ou pas symptomatiques, et, au niveau individuel, par exemple en vue d’assouplir des mesures de confinement ou de protection individuelle pour les personnes déjà infectées, dans l’hypothèse encore incertaine où elles ne risquent pas d’être   à nouveau malades. 

Les tests rapides antigéniques n’ont pas encore été recommandés dans le diagnostic en phase aiguë du COVID-19. Leurs performances sont encore en évaluation ainsi que les réactions croisées possibles avec d’autres virus respiratoires. Si l'un des tests de détection d'antigènes commercialisés s'avérait suffisamment performant, il pourrait éventuellement être utilisé comme test de triage pour identifier rapidement les patients très susceptibles d'être atteints de COVID-19, réduisant la nécessité de recourir à des tests de confirmation moléculaire coûteux et peu accessible dans les LMIC.

Sethuraman N, Jeremiah S. S, Ryo A. JAMA May 6, 2020
Sethuraman N, Jeremiah S. S, Ryo A. JAMA May 6, 2020 Doi:10.1001/jama.2020.8259


Comme il est vraisemblable que ces tests soient très spécifiques (rare faux positifs) et peu sensibles (nombreux faux négatifs), on pourrait envisager de faire des PCR seulement en cas de TDR antigéniques négatifs ce qui diminuerait le nombre de PCR et par voie de conséquence le temps d’attente pour obtenir les résultats de confirmation. L’intérêt de cette stratégie est à confirmer.
 
Le test idéal pour Covid 19 ?   On ne trouvera pas de tests diagnostiques parfaits pour le COVID-19. Il est nécessaire de définir les caractéristiques et les performances (sensibilité, spécificité) des tests qui sont commercialisés afin de connaitre leur force et leur faiblesse pour inscrire leur utilisation dans des algorithmes d’utilisation précis   qui définissent un contexte épidémiologique, une population cible, et une marche à suivre qui peut comporter l’utilisation séquentielle de plusieurs tests différents afin de s’adapter aux contraintes opérationnelles tout en assurant une prise en charge adaptée et cohérente.

La Validation règlementaire des tests pour le diagnostic de la Covid-19

Hormis le marquage CE qui est auto déclaratif pour ce type de test , la FDA  et l’OMS  ont mis en place un programme d’évaluation et d’homologation pour les situations d’urgence de certains tests. Pour l’instant, seuls des tests moléculaires ont été approuvés par les deux instances et trois tests rapides sérologiques pour la FDA. La sélection des tests rapides sérologiques par l’OMS est en cours. A noter que ces homologations sont basées sur une revue de dossier constitué par le fabriquant qui n’exige pas des évaluations indépendantes

Une Evaluation indépendante des tests rapides sérologiques et antigéniques 
Ces évaluations sont indispensables pour connaitre les performances des tests sur des échantillons cliniques afin de choisir les meilleurs tests à intégrer dans les algorithmes d’utilisation. De nombreuses institutions internationales participent à ces évaluations, dont l’organisation FIND. 

Dans l’idéal, des évaluations de faisabilité pratique sur le terrain, auprès des utilisateurs et des populations sont également à mener afin de connaitre comment marche le test dans son utilisation finale. 

Les TDR sérologiques n’ont pas été formellement évalués sur le sang capillaire (piqure au bout du doigt). Cette évaluation est nécessaire car l’usage final de ces tests, en particulier dans les pays à revenus limités, devra pouvoir s’effectuer dans des structures périphériques, au lit du malade ou à domicile, probablement par des agents non spécialisés.

Quelle stratégie diagnostique en particulier, en Afrique ?

Les tests PCR, leur utilisation au niveau décentralisé est indispensable pour confirmer des cas suspects. Ces tests nécessitent toutefois un équipement coûteux, du personnel formé et expérimenté. Il est donc souvent nécessaire d’envoyer l’échantillon biologique à un établissement de santé de référence au niveau central (régional ou national), seuls capables de réaliser ces tests. Des restrictions et problèmes d’approvisionnement en réactifs ou consommables sont en outre constatés dans de nombreux pays. 

Ces limitations rendent les approches moléculaires conventionnelles actuelles peu adaptées à leur utilisation au niveau décentralisé, à large échelle en situation épidémique pour un triage et un diagnostic rapide et fiable de la population concernée. Les systèmes automatisés type « point-of-care » (ex. GeneXpert) peuvent améliorer l’accès aux tests moléculaires de confirmation des cas, en particulier en périphérie. Se pose pourtant toujours le problème de la biosécurité du personnel quant au prélèvement à traiter. 

Si un ou plusieurs tests rapides antigéniques (qui ne sont pas encore recommandés dans le diagnostic en phase aiguë de la COVID-19) devenaient disponibles et validés, ils pourraient être utilisés en 1ère intention pour le triage et le diagnostic des cas suspects. Si leur sensibilité est confirmée comme relativement faible (risque de faux négatifs), il faudrait ensuite pratiquer un test PCR pour tout résultat de test rapide négatifs.
 
Les tests rapides antigéniques pourraient être utilisés sur le lieu des soins et décentralisés - c'est-à-dire sur le site de triage et à l'extérieur de l'hôpital, par un personnel formé mais non spécialisé, 24h / 24 et sur des échantillons nasopharyngés. Ils pourraient fournir des résultats dans les 15 minutes, propices à un flux patient rapide. 

13 TDR antigènes Covid-19 et plus de 120 TRD anticorps commercialisés et marqués CE-IVD mais aucun n’a été validé à partir d’évaluation indépendante de qualité et à large échelle.

Tests rapides antigéniques


Les tests sérologiques (pour l’instant technique ELISA) peuvent être utilisés à des fins d’enquêtes épidémiologiques collectives pour évaluer la prévalence a posteriori de l’infection virale et la fraction de personnes infectées asymptomatiques. Pourtant il est nécessaire d’avoir davantage d’informations sur la corrélation entre immunité et protection ainsi que sur la durée de la protection pour pouvoir interpréter ces enquêtes épidémiologiques en termes de protection ou risque de réinfection de la population. Une analyse très spécialisée à partir de culture virale (neutralisation) permet de quantifier les anticorps neutralisants et donc de savoir si la personne possède ces anticorps qui éviteraient une réinfection.

Il est nécessaire dans l’état actuel des connaissances d’effectuer des études complémentaires pour pouvoir affirmer qu’une personne immunisée est protégée (seuil d’anticorps et durée) et que les techniques ELISA grand débit pour la sérologie corrèlent bien avec la qualité de la protection anticorps.

Que fait Epicentre ?

France. Auprès de l’AP-HP et des hôpitaux Henri Mondor à Créteil et Bicêtre à Kremlin-Bicêtre, Epicentre participe  à l’évaluation de  plusieurs tests rapides anticorps dont 1 fourni par MSF et de 2 tests rapides antigéniques fourni par  MSF avec l’objectif de renforcer la méthodologie d’évaluation rétrospective par rapport à d’autres études -évaluations sur des échantillons de patients caractérisés (données cliniques) avec une taille d’échantillon suffisante – et la définition  d’un protocole. Les résultats sont attendus avant la fin mai.
 
Cameroun.  Collaboration avec l’Institut Pasteur pour l’évaluation de plusieurs tests rapides ; un protocole a été soumis fin avril pour une approbation au comité d’éthique national.

Niger. évaluation de plusieurs tests rapides dans le cadre d’une étude clinique sur le traitement précoce par lopinavir/ritonavir en collaboration avec le Ministère de la Santé Publique (protocole validé par le comité d’éthique local).
   
Autres. Préparation de protocoles génériques pour l’évaluation de TDR en pays à ressources limitées.