Évaluation d’un test de laboratoire rapide pour la confirmation et la caractérisation des bactéries productrices de carbapénémases dans les laboratoires de MSF
Type d'étude
Évaluation rétrospective d’un test de laboratoire
Contexte
Les bacilles Gram-négatifs producteurs de carbapénémases (CP-GNB) sont devenus un problème de santé majeur à l’échelle mondiale. La confirmation et la caractérisation des CP-GNB sont essentielles pour la prévention et le contrôle des infections (PCI) ainsi que pour la gestion des antimicrobiens (GAM). Cependant, les laboratoires de MSF s’appuient exclusivement sur la détection phénotypique de la résistance aux carbapénèmes. Cette étude a évalué la précision et la facilité d’utilisation du test rapide de laboratoire Carba 5 (NG-Biotech) pour confirmer et détecter les cinq carbapénémases les plus courantes (NDM, VIM, KPC, IMP, de type OXA-48) chez les CP-GNB isolés dans les laboratoires de MSF.
Notre rôle
Coordination
Partenaires
- Ministère de la santé
- American University of Beirut
Méthodes
L’évaluation rétrospective a porté sur des Enterobacterales résistantes aux carbapénèmes (CRE, n = 252) et des Pseudomonas aeruginosa (CRPA, n = 32) isolées à partir de cultures sanguines et osseuses prélevées dans des hôpitaux soutenus par MSF en RDC, au Niger et en Jordanie entre 2019 et 2024. Les résultats ont été comparés à une méthode de référence composite : (i) la méthode d’inactivation des carbapénèmes (CIM) ; et (ii) le séquençage du génome complet (WGS) réalisé à l’Université américaine de Beyrouth (analyses en cours et non présentés dans les résultats intermédiaires). Des techniciens de laboratoire formés ont réalisé le test Carba-5 et la CIM dans les laboratoires de MSF. Nous avons évalué la facilité d’utilisation du test Carba-5 et de la CIM à l’aide de questionnaires auto-administrés remplis après la formation et à la fin de l’étude.
Résultats préliminaires
Parmi les CRE, le test Carba-5 a montré un taux de concordance de 98 % (152/155) pour les résultats positifs et de 98 % (92/95) pour les résultats négatifs par rapport au test CIM. D’après les résultats partiels du séquençage du génome complet (WGS), la NDM est la principale carbapénémase produite par les CP-Enterobacterales en RDC (20/20) et au Niger (49/49). En Jordanie, nous avons observé la présence de NDM (52/54), de VIM (1/54) et de KPC (1/54). Parmi les CRPA, le test Carba-5 a montré une concordance de 100 % (11/11) pour les résultats positifs et de 100 % (18/18) pour les résultats négatifs avec le CIM et le séquençage du génome complet (WGS). D’après les résultats partiels du séquençage du génome complet (WGS), les carbapénamases NDM et OXA sont les plus fréquentes en RDC et en Jordanie. Le test Carba-5 a été jugé facile à utiliser et à interpréter, tandis que le test CIM s’est avéré chronophage et difficile à réaliser et à interpréter.
Conclusion
Cette étude contribue à l’amélioration des connaissances sur l’épidémiologie des GNB-CP dans trois projets de MSF. Les résultats préliminaires ont montré que le test Carba-5 constituait un outil diagnostique acceptable et facile à utiliser. Cependant, des résultats de confirmation supplémentaires sont nécessaires pour estimer la précision du typage des carbapénémases et définir l’algorithme diagnostique optimal pour le dépistage et la confirmation des GNB-CP.
