Des bactéries multirésistantes identifiées chez des enfants malnutris de moins de cinq ans au Niger

En raison de l'affaiblissement de leur système immunitaire, les enfants souffrant de malnutrition courent un risque plus élevé de développer des infections mortelles telles que la tuberculose ou la septicémie. En collaboration avec Epicentre, les chercheurs l'Institut Ineos ont analysé plus de 3 000 prélèvements rectaux provenant de 1 371 enfants de moins de cinq ans traités pour malnutrition sévère entre 2016 et 2017 dans un établissement hospitalier de Madarounfa au Niger, région avec une forte prévalence de la malnutrition. 

Leurs conclusions, publiées dans Nature Communications en juillet 2025, montrent que :

• 76 % des enfants étaient porteurs de bactéries dotées de gènes de β-lactamase à spectre étendu (BLSE), qui peuvent dégrader de nombreux antibiotiques couramment utilisés.
• 25 % était porteur de bactéries dotées de gènes de carbapénémase, tels que blaNDM, qui confèrent une résistance à certains des antibiotiques les plus puissants et de dernière ligne.
• 69 % des enfants qui n'étaient pas porteurs de bactéries résistantes aux carbapénèmes à l'admission l'étaient à la sortie de l'hôpital. Les carbapénèmes sont une classe d'antibiotiques de dernier recours utilisés lorsque les autres antibiotiques n'ont pas réussi à traiter une infection.
• 11 % des enfants étaient porteurs de souches d'E. coli ST167 avec le gène blaNDM, ce qui est très préoccupant car cela limite les options de traitement pour les infections causées par ces bactéries.

En raison de l’usage inapproprié des antibiotiques – traitements trop courts, trop longs ou inadaptés -, des résistances peuvent survenir. Les bactéries, les champignons et les parasites développent alors la capacité de résister à l'action des médicaments. L’Afrique subsaharienne occidentale est considérée comme l’une des régions les plus touchées, avec 27,3 décès pour 100 000 personnes attribuables à la résistance aux antimicrobiens (RAM) (1). Les infections graves résistantes aux antibiotiques sont responsables d’une mortalité importante des enfants tout particulièrement dans les pays à ressources limités. 

Si les bactéries résistantes aux antibiotiques restent dans l'intestin, les enfants risquent de développer des infections telles que la pneumonie, la septicémie, la diarrhée ou les infections des voies urinaires qui ne répondent pas au traitement antibiotique. 

Le Dr Kirsty Sands, responsable scientifique de l'Institut Ineos Oxford pour la recherche antimicrobienne et auteur principal de l'étude, rappelle que « Ces enfants comptent parmi les plus vulnérables au monde, et nous les voyons attraper des bactéries qui ne répondent pas aux antibiotiques qui sauvent des vies. Notre étude s'est concentrée sur un centre de traitement au Niger, mais il est probable que cette situation se répète dans de nombreux autres hôpitaux à travers le monde. Alors que la RAM continue d'augmenter, les crises humanitaires concomitantes telles que les guerres et le changement climatique exacerbent la malnutrition, ce qui conduit à des centres de traitement surpeuplés. »

La surpopulation hospitalière, facteur aggravant de la propagation des bactéries résistantes

Les chercheurs ont utilisé le séquençage du génome pour suivre la propagation de ces bactéries résistantes. La plupart des E. coli porteurs de blaNDM-5 étaient génétiquement très similaires, ce qui suggère une transmission probable au sein de l'hôpital. Les gènes de résistance étaient portés par des plasmides - des fragments d'ADN mobiles qui peuvent passer d'une bactérie à l'autre -, ce qui rend la propagation entre espèces encore plus probable.

Céline Langendorf, coordinatrice laboratoire à Epicentre, explique : « nos derniers résultats soulignent l’urgence de donner la priorité aux mesures de prévention et de contrôle des infections dans les hôpitaux afin de protéger les patients les plus vulnérables. Dans les hôpitaux surpeuplés aux ressources limitées, ces bactéries peuvent se propager facilement d'un enfant à l'autre. Sans une action urgente, davantage d'enfants pourraient mourir d'infections autrefois faciles à traiter".

Et le professeur Owen B. Spiller, directeur du département de microbiologie médicale de l'université de Cardiff, conclut « Cette étude démontre de manière flagrante que les crises humanitaires amplifient la pandémie silencieuse de la résistance aux antimicrobiens. Sans une action internationale coordonnée, combinant la gestion des antimicrobiens, la surveillance et l'amélioration des infrastructures d'hygiène, les bactéries résistantes continueront à se propager de manière incontrôlée. Nous avons besoin de toute urgence d'un investissement mondial pour protéger les antibiotiques destinés aux enfants souffrant de malnutrition sévère dans des contextes où les ressources sont limitées. »

(1) Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. The lancet 2022 Feb 12;399(10325):629-655. doi: 10.1016/S0140-6736(21)02724-0. Epub 2022 Jan 19.

© Oliver Barth