COVID-19

La pandémie actuelle est liée à un coronavirus identifié en décembre 2019 dans la ville de Wuhan, dans la province de Hubei (Chine), officiellement appelé SARS-CoV-2.

Ce virus est responsable d’une maladie appelée Covid19 caractérisée par des atteintes des voies respiratoires pouvant aller du simple rhume à des syndromes respiratoires aigus sévères. La progression de Covid19 a conduit l'Organisation mondiale de la santé (OMS) à la déclarer urgence de santé publique de portée internationale (30 janvier 2020), puis  pandémie (11 mars 2020). 

Le SARS-CoV-2 se transmet d’homme à homme par voie aérienne par le biais de gouttelettes émises lors d’une toux, d’un éternuement, d’une discussion ou par contact physique comme un baiser. La transmission peut aussi être due à un contact contaminant : poignée de main ou surfaces contaminées. Pour éviter la transmission, une distance supérieure à un mètre entre deux individus semble généralement suffisante ; par précaution, 2 mètres, voire plus, sont parfois proposés ou imposés. Le nettoyage des surfaces contaminantes fait aussi partie des mesures de protection.

Le virus survit entre 2 et 3 heures en milieu sec, et de façon variable sur les surfaces de matériaux différents. Le virus est très contagieux.

La durée de l'incubation est en moyenne de 5 jours, avec des extrêmes de 2 à 12 jours. Les premiers symptômes sont peu spécifiques : maux de tête, douleurs musculaires, fatigue. La fièvre et les signes respiratoires arrivent secondairement, souvent deux ou trois jours après le début des premiers signes.

Il s'écoule en moyenne une semaine entre l'apparition des premiers symptômes et l’apparition des signes de sévérité requérant le plus souvent une admission à l'hôpital.

A ce stade, les symptômes associent fièvre, toux, douleurs thoraciques et gêne respiratoire. Les formes les plus graves sont observées chez des personnes vulnérables en raison de leur âge (plus de 70 ans) ou de maladies associées (hypertension artérielle, insuffisance cardiaque, insuffisance respiratoire, diabète, obésité, etc.).

Des études ont montré que l'infection peut être asymptomatique ou peu symptomatique chez 30 à 60 % des sujets infectés.

La réponse aux épidémies nécessite l’association de données de grande qualité et d’analyses appropriées. Lorsqu’une épidémie initialement localisée acquiert le statut de pandémie, cette association devient un élément essentiel pour assurer la coordination, la préparation et le contrôle à l’échelle mondiale. 

Cependant, l’accès à des analyses rigoureuses devient difficile pendant les situations d’urgence en  raisons par exemple de la faiblesse des systèmes de santé, des obstacles à l’accès aux soins, des capacités de tester, de la capacité parfois limitée de recueil et de gestion des données ou encore des moyens insuffisants pour procéder aux analyses appropriées.
 
Pour autant, les différences d’accès aux soins de santé et aux tests de laboratoire peuvent constituer des limites à l’accès à une vision claire de la pandémie de Covid-19. 

En lien avec la disparité des stratégies de dépistage, un simple indicateur comme le nombre de tests effectués par cas détecté, révèle de grandes différences parmi les pays qui présentent des niveaux similaires d’incidence de la maladie. 

Des capacités de test insuffisantes peuvent avoir limité la détection précoce de foyers épidémiques et de ce fait, la rapidité de la mise en place de mesures de contrôle. De plus, le dépistage et l’isolation des individus infectés avec excrétion active du virus sont des mesures de contrôle importantes en elles-mêmes qui ne peuvent être implémentées de manière optimale que lorsque des infrastructures de tests décentralisées sont en place.

L’accès aux soins de santé et aux tests devient d’autant plus important quand ces soins et les systèmes de surveillance sont limités. Le principal risque associé à ces deux limitations est un retard de détection précoce des foyers d’infection qui peut avoir des conséquences désastreuses pour les capacités de contrôle de la flambée épidémique.

Jusqu’à présent, la prévalence dans les pays africains semble plus faible que celles observée en Europe. Plusieurs facteurs peuvent expliquer cette tendance, comme par exemple le nombre plus faible de cas importés, l’adoption précoce de mesures de contrôle comme la distanciation sociale et l’interdiction des rassemblements de masse, des infrastructures de transport limitées, ou une meilleure préparation et une plus grande résilience face aux épidémies. D’autres facteurs comme la plus grande taille des ménages sous un même toit ou un mélange intergénérationnel plus important pourraient  à contrario être considérés comme des facteurs de risque de propagation Des analyses complémentaires sont nécessaires pour les consolider et avoir une meilleure appréciation de la réalité de la contamination en Afrique.

La compréhension des épidémies locales est cruciale pour fournir des indications utiles aux opérations. Epicentre apporte son soutien au ministère de la Santé dans plusieurs pays et à de nombreuses missions de MSF pour recueillir, analyser et interpréter l’évolution de la pandémie de Covid-19 et éclairer la mise en œuvre des réponses nationales. 

Epicentre fournit les outils appropriés à toutes les sections MSF pour collecter les données et compiler les informations de tous les projets dans une base de données unique, puis analyser ces données sur une base hebdomadaire et produire un rapport mensuel pour 46 pays.

Epicentre vient aussi en soutien aux missions de MSF sur :

• Etude de séroprévalence et mortalité rétrospective en Afrique de l’Ouest, Côte d’Ivoire, RDC, chez des personnels de santé dans plusieurs pays, dans le camp de réfugiés de Dagahaley, Garissa County, Kenya
• Base de données cliniques pour le suivi des patients en Afghanistan, au Burkina Faso, au Yémen
• Evaluation des tests rapides d'antigène et d'anticorps pour le COVID-19

Une séroprévalence 67 fois plus élevée à Dagahaley

L’étude de séroprévalence et de mortalité rétrospective menée en lien avec les équipes de MSF auprès de plus de 1200 personnes dans le camp de Dagahaley au Kenya entre février et mars 2021 – et publié dans Plos One – révélé que la séroprévalence était de l’ordre de 5,8 %, soit 67 fois plus élevé que le nombre de cas déclarés. Les participants âgés de 50 ans ou plus étaient parmi les plus touchés et le taux de mortalité a augmenté pendant la pandémie par rapport à avant la pandémie. L’étude montre également une baisse de presque un tiers des consultations et des admissions à l’hôpital, ce qui laisse présager que l’augmentation de la mortalité pourrait résulter d’une combinaison de décès directement liés à la maladie et indirectement.

En France, Epicentre avec MSF et l’Institut Pasteur a mené une enquête de séroprévalence entre le 23 juin et le 2 juillet 2020 sur quatorze lieux d’intervention de l’ONG en région parisienne. Cette analyse montre que selon les sites 18 à 94 % des personnes ont été infectées par le virus SARS- CoV-2.

Pour En Savoir plus : lire l'actualité 

Fin 2021, les épidémiologistes d’Epicentre ont lancé une enquête pour évaluer la couverture vaccinale des e personnes en grande précarité, identifier les freins et les leviers à cette vaccination. Les résultats sont attendus 1er semestre 2022. 

Les analyses locales, associées à des programmes adaptés, et prenant en considération les représentations de la population, constituent la marche à suivre pour minimiser les coûts sociaux, économiques, et sanitaires de cette pandémie.

Découvrez les premiers résultats sur les enquêtes de séroprévalence dans plusieurs pays d'Afrique et au Yémen

Il existe deux types d’approche diagnostique, les méthodes dites directes et les méthodes indirectes.

• Les premières permettent de révéler la présence du virus ou de l’un de ses constituants (ARN) ou un antigène de surface (Ag) dans des prélèvements nasopharyngés et donc de dire si la personne est infectée (qu’elle soit symptomatique ou non).
• Les secondes reposent sur la détection dans le sang de la réponse immunitaire de l’hôte contre le virus permettant de dire si la personne est ou a été infectée et si elle a produit des anticorps.

Ces approches diagnostiques ont été développées sous plusieurs formes : 

• Tests moléculaires dits « PCR »  (reverse transcriptase Polymerase Chain reaction ; RT-PCR) pour détecter l’ARN du virus soit sur des plateformes automatisées dans des laboratoires de référence, soit sous des formes « point-of-care » (type GeneXpert)¸réalisés à partir d’un prélèvement nasopharyngé  ou des  voies respiratoires basses 
   
• Tests antigéniques : sous forme de tests rapides d’orientation diagnostique (TRD) unitaires, réalisés sur des écouvillons naso ou oro-pharyngés
   
• Tests sérologiques : à partir d’un prélèvement sanguin, ces tests permettent la détection de la réponse immunitaire humorale post-infectieuse (détection des anticorps IgM, IgG et éventuellement IgA)

Ce sont soit des tests automatisables (de type enzyme-linked immunosorbent assay -ELISA- par exemple) ou TRD unitaires. Les tests ELISA nécessitent un plateau technique contrairement aux TDR qui pourtant n’ont pas encore été validés sur prélèvement de sang au bout du doigt. 

France. Auprès de l’AP-HP et des hôpitaux Henri Mondor à Créteil et Bicêtre à Kremlin-Bicêtre, Epicentre a participé à l’évaluation de plusieurs tests rapides anticorps dont 1 fourni par MSF et de 2 tests rapides antigéniques fourni par MSF avec l’objectif de renforcer la méthodologie d’évaluation rétrospective par rapport à d’autres études -évaluations sur des échantillons de patients caractérisés (données cliniques) avec une taille d’échantillon suffisante – et la définition  d’un protocole. 
 
Cameroun.  En collaboration avec MSF et le ministère de la santé publique du Cameroun, Epicentre montre que les tests rapides sérologiques et antigéniques sont une alternative fiable et plus facile à déployer dans les pays à ressources limitées pour permettre la prise en charge précoce des cas et limiter la propagation de la pandémie. 

Pour en savoir plus lire l'actualité

Niger. Déploiement de la plateforme Alert-CoVid-19 avec la Fondation MSF, Medic Mobile, le ministère de la Santé Publique du Niger et Google pour mettre en place un outil électronique pour organiser la réception et les investigations suite aux alertes CoVid-19.

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Autres. Préparation de protocoles génériques pour l’évaluation de TDR en pays à ressources limitées.

La prise en charge reste pour l’instant symptomatique : traitement antipyrétique pour la fièvre (paracétamol), réhydratation et oxygénothérapie pour les cas graves, voire ventilation artificielle en réanimation. Il existe plusieurs centaines d’essais cliniques en cours dans le monde.

Epicentre est partie prenante d’une coalition internationale en lien avec 70 institutions internationales pour accélérer la recherche clinique dans les pays à faibles ressources.

Aujourd’hui des campagnes de vaccinations ont débuté dans plusieurs pays dans le monde. C’est une prouesse de la recherche, si au printemps 2021, 4 vaccins - Pfizer/BioNtech, Moderna, AstraZeneka Johnson & Johnson- ont d’ores et déjà approuvés par l’agence européenne du médicament et plusieurs sont en cours de développement et ce, à peine plus d’un an après le début de la pandémie.

Leur efficacité ainsi que les logistiques nécessaires à leur déploiement sont différentes.

Un vaccin peut en effet agir à plusieurs niveaux. Il peut prévenir l’infection et interrompre la transmission. A ce jour, cette capacité est en cours d’investigation pour les 4 vaccins homologués. Par contre, ces 4 vaccins évitent la survenue de forme symptomatique de la maladie et consécutivement des formes sévères. Les deux vaccins à ARN, celui de Pfizer/BioNtech et celui de Moderna, ont une efficacité supérieure à 90 %, ce qui signifie que les essais cliniques ont montré une réduction de plus de 90 % de survenue des formes symptomatiques chez les personnes ayant reçu le vaccin par rapport au groupe placebo.

Alors que le vaccin de Johnson & Johnson ne nécessite qu’une seule dose, les 3 autres demandent 2 injections.